依据城子河区纪委监委“三定方案”之规定，城子河区纪委监委机关共有内设科室五个。

（一）办公室

主要负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草区纪委监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况；负责机关外事工作；负责机关后勤管理和服务工作；负责机关财务管理、国有资产管理和安全保卫工作；负责机关及派驻机构涉案款物保管等。同时承担组织、政研、宣教、信息技术保障等工作职责。另配有专人承担纪检监察干部监督、党风政风监督检查、案件监督管理工作和信访工作职责。

（二）案件审理室（复查复议室）

负责审理区纪委监委直接审查调查和区党的组织、纪检监察机关报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件，严格依规依纪依法提出处理或者处分意见；审理需要呈报市委、市委有关部门和区委审批的案件；承办处分决定事项落实及督促检查相关工作；承办党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件，以及其他需要由区纪委监委办理的申诉、复核案件等。

（三）第一纪检监察室

主要履行依纪依法监督的职责。监督检查辖区内领导班子及辖区内管理的干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查辖区内党委（党组）落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促纪检监察和派驻机构落实纪检、监察责任，实施问责；监督辖区内单位对巡视、巡察整改落实情况；向监察对象所在单位提出监察建议；综合分析研判问题线索，对适用“四种形态”中第一种、第二种形态的，按程序提出处置意见；对适用第三种、第四种形态的，按程序移交案件监督管理室；综合、协调、指导辖区内纪检监察工作等。

（四）第二至第三纪检监察室

主要履行执纪审查和依法调查处置的职责。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议；向监察对象所在单位提出监察建议。